运输企业处罚驾驶员的方式主要依据国家相关法律法规，以及企业内部的规章制度。以下是一些常见的处罚方式，这些方式可能会根据具体违规行为的严重程度和企业的具体规定而有所调整：

1. 警告与罚款：

   • 对于轻微的违规行为，如未按时进行车辆保养、未按规定路线行驶等，企业可能会给予驾驶员警告，并视情况处以一定数额的罚款。

2. 扣分与停运：

   • 驾驶员因违规行为被交警部门扣分后，企业可能会根据扣分的多少决定对驾驶员进行停运处理，即暂时停止其驾驶工作，直至其通过再教育或考试恢复驾驶资格。

3. 吊销从业资格证：

   • 对于严重违规行为，如酒驾、超速行驶导致交通事故等，企业可能会吊销驾驶员的从业资格证，并将其列入行业黑名单，禁止其再次从事运输行业的工作。

4. 经济赔偿：

   • 如果驾驶员的违规行为导致企业遭受经济损失，如车辆损坏、货物丢失或损坏等，企业可能会要求驾驶员承担相应的经济赔偿责任。

5. 内部处分：

   • 除了上述处罚外，企业还可能根据内部规章制度对驾驶员进行处分，如降职、调岗、解除劳动合同等。

6. 法律追究：

   • 对于构成犯罪的违规行为，如交通肇事逃逸、危险驾驶等，企业会依法配合公安机关对驾驶员进行刑事追究。

此外，运输企业还可能通过加强内部管理、完善规章制度、加强驾驶员培训等方式来预防驾驶员的违规行为，确保运输安全。

需要注意的是，具体的处罚方式应根据驾驶员的违规行为、企业的规章制度以及相关法律法规来确定。如果你有更具体的问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。