公司员工迟到罚款的合法性并非一概而论，而是需要具体情况具体分析。以下是对这一问题的详细解答：

1. 一般情况下，单位无直接罚款权：

   • 自2008年1月15日《企业职工奖惩条例》废止后，国家层面的法律并未直接赋予用人单位对员工进行罚款的权力。
   • 根据《中华人民共和国立法法》和《中华人民共和国行政处罚法》的规定，对财产的处罚应由法律、法规和规章设定，用人单位通常无权在规章制度中自行设定罚款条款。

2. 特殊情形下的合法性：

   • 与绩效工资关联：若用人单位依法制定的规章制度明确规定，迟到会影响员工的绩效考核进而影响绩效工资的发放，且该规定不违反法律法规的强制性规定，也不存在明显不合理或显失公平的情况，那么这种因迟到而扣减绩效工资的做法通常被认定为合法。
   • 造成经济损失的赔偿：如果员工迟到给用人单位造成了实际经济损失，且用人单位能够证明该损失与员工的迟到行为之间存在直接因果关系，那么用人单位可以要求员工赔偿相应的经济损失。但这种情况下，赔偿的数额应当合理，且不能违反法律法规的相关规定。

3. 制定规章制度时的注意事项：

   • 用人单位在制定涉及员工切身利益的规章制度时，应当经过民主程序，确保员工的参与权和知情权。
   • 规章制度的内容应当明确、具体，且不得违反法律法规的强制性规定。
   • 对于迟到等违纪行为的处理措施，应当既体现管理的必要性，又遵循合理、公正的原则。

综上所述，公司员工迟到罚款的合法性取决于多个因素的综合考量。在制定和执行相关规章制度时，用人单位应确保其行为符合法律法规的要求，并遵循合理、公正的原则。如果员工对罚款行为有异议，可以通过合法途径进行维权。如果你在这方面有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。