父亲有案底，并不会直接影响儿子加入中国共产主义青年团的资格。详细分析如下：
一. 入团资格主要取决于个人条件
- 根据《中国共产主义青年团章程》第一条的规定，年龄在十四周岁以上，二十八周岁以下的中国青年，只要承认团的章程，愿意参加并积极工作于团的一个组织，执行团的决议，按期交纳团费，即可申请加入中国共产主义青年团。这些条件聚焦于申请人的个人品质和意愿，未涉及家庭成员的法律状况。
- 共青团组织在审核入团申请时，关注的是申请人自身的政治觉悟、道德品质、现实表现以及是否积极追求进步，包括申请人在学习、生活和社会实践中的综合表现，而非其家庭背景或家庭成员的犯罪记录。
二. 家庭成员犯罪记录与孩子入团资格无直接关联
- 法律层面：在我国法律体系中，刑事责任具有个体性，个人对自己犯罪行为承担法律责任，不会株连到其家庭成员。因此，父亲的犯罪记录不会直接作为判断孩子入团资格的依据。
- 隐私保护：将家庭成员的犯罪记录作为影响个人入团的因素，可能触及个人隐私保护的法律原则。法律尊重并保护每个人的独立人格和隐私权。
三. 实际操作与社会观念
尽管法律上明确规定父亲犯罪不影响孩子入团，但在实际操作中，可能会受到一定社会观念或偏见的影响。然而，团组织会秉持公正、公平的原则，对每位申请人的情况进行全面、客观的评估。
综上所述，父亲有案底并不会直接影响儿子的入团资格。儿子的入团机会主要取决于其个人的综合素质和表现，以及是否符合团组织的各项要求。如有进一步需要，您可以继续咨询我。