对于案子有问题在检察院认罪认罚是否适用普通程序有利，这并非一个绝对的问题，需要具体案件具体分析。以下是我对此问题的详细分析：

一. 认罪认罚的影响

1. 从宽处理的可能性：根据《刑事诉讼法》的相关规定，犯罪嫌疑人、被告人自愿如实供述自己的罪行，承认指控的犯罪事实，愿意接受处罚的，可以依法从宽处理。因此，认罪认罚本身在一定程度上可能对被告人有利。
2. 案件事实的明确：认罪认罚意味着被告人对案件事实有了明确的认识，这有助于检察院和法院更快地了解案件情况，对案件进行更准确的定性。

二. 普通程序与简易程序的区别

1. 程序复杂度：普通程序相对于简易程序更为复杂，包括更多的诉讼环节和更长的审理时间。这可能导致案件在检察院和法院的处理时间延长。
2. 证据审查的严格性：在普通程序中，法院对证据的审查更为严格，确保案件的公正性。这对于确保被告人的合法权益具有重要意义。

三. 案子有问题时的考虑

1. 问题性质与严重程度：如果案子存在的问题较小，且不影响案件的基本事实，那么认罪认罚并适用普通程序可能更有利，因为这可以体现被告人的悔罪态度，并可能获得从宽处理。
2. 证据情况：如果案子存在的问题涉及关键证据，或者证据存在重大瑕疵，那么适用普通程序可能更为合适。因为在普通程序中，法院会对证据进行更为严格的审查，这有助于确保案件的公正性。

四. 综合考量

• 有利方面：认罪认罚可能带来从宽处理的机会，同时普通程序能确保案件的公正性。
• 不利方面：普通程序可能导致案件处理时间延长，且如果案子存在问题，可能会面临更严格的审查。

我的观点：案子有问题在检察院认罪认罚是否适用普通程序有利，需要综合考虑案子的具体问题、证据情况、被告人的悔罪态度以及可能的法律后果。在某些情况下，认罪认罚并适用普通程序可能更有利；而在其他情况下，可能需要更谨慎地考虑。因此，建议被告人在充分了解案件情况和法律后果的基础上，做出明智的选择。如有进一步需要，您可以继续咨询我。