公司未经登记擅自变更法定代表人的行为是违法的。具体分析如下：

一. 公司变更法定代表人的法定程序

1. 根据《中华人民共和国公司法》第十三条：“公司法定代表人依照公司章程的规定，由董事长、执行董事或者经理担任，并依法登记。公司法定代表人变更，应当办理变更登记。”这表明，公司法定代表人的变更必须遵循公司章程的规定，并且需要依法进行登记。

二. 未经登记变更法定代表人的法律后果

1. 违法行为：公司未经登记擅自变更法定代表人，违反了《公司法》关于公司变更登记的相关规定，属于违法行为。
2. 法律责任：根据相关法律法规，公司可能会因此受到行政处罚，如罚款、警告等。同时，如果因此给他人造成损失的，公司还可能需要承担民事赔偿责任。
3. 法律效力问题：未经登记的法定代表人变更，在法律上可能不被认可，即新的法定代表人可能无法有效代表公司从事法律活动，这将对公司的正常运营和法律事务处理造成困扰。

三. 建议措施

1. 立即改正：公司应立即停止未经登记擅自变更法定代表人的行为，并按照法定程序办理变更登记手续。
2. 法律咨询：如果公司因此面临法律纠纷或处罚，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护公司的合法权益。

我建议，公司应严格遵守相关法律法规，确保公司变更法定代表人的行为合法、有效。如有进一步需要，您可以继续咨询我。