在签订合同时，如果发现合同条款与招标文件不一致，但双方已经同意并希望对此进行说明，可以撰写一份补充协议或澄清说明来明确双方的一致意见。以下是一个基本的撰写框架和一些建议：

1. 标题：

   • 补充协议/澄清说明关于[合同名称]与招标文件不一致之处

2. 引言：

   • 简要说明签订本补充协议/澄清说明的背景，即合同条款与招标文件之间存在的不一致，并指出双方已就此达成共识。

3. 不一致条款的列举与对比：

   • 详细列出合同中与招标文件不一致的条款，并逐条对比说明不一致的内容。

4. 双方同意的条款修改：

   • 明确双方同意如何修改这些不一致的条款，或者确认以哪个版本为准。

5. 法律效力与适用：

   • 强调本补充协议/澄清说明与主合同具有同等法律效力，且在不一致之处，以本补充协议/澄清说明为准。

6. 签字盖章：

   • 双方代表签字盖章，确认对本补充协议/澄清说明的认可。

7. 日期：

   • 注明签订本补充协议/澄清说明的日期。

撰写示例：

补充协议

关于[合同名称]与招标文件不一致之处的澄清与修改

鉴于甲、乙双方于[签订日期]签订了[合同名称]（以下简称“主合同”），并在后续审查中发现主合同中部分条款与招标文件存在不一致之处，现经双方友好协商，就相关不一致之处达成如下补充协议：

一、不一致条款列举与对比

1. 主合同第X条关于[具体条款内容]的约定，与招标文件第Y条关于[具体条款内容]的描述不一致。
2. …（其他不一致条款的列举与对比）

二、双方同意的条款修改

1. 对于上述第1点不一致，双方同意修改为：[具体修改内容]。
2. …（其他不一致条款的修改）

三、法律效力与适用

本补充协议与主合同具有同等法律效力，且在主合同与招标文件不一致之处，以本补充协议为准。

四、签字盖章

甲方（盖章）：_________ 乙方（盖章）：_________

代表（签字）：_________ 代表（签字）：_________

日期：__年月__日

请根据实际情况填写具体内容，并确保双方代表签字盖章，以确保补充协议或澄清说明的法律效力。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。