自收自支单位在编员工与合同工的主要区别体现在编制、福利及单位对人员去留的决定权上。以下是详细解释：
编制方面：
- 在编员工：上报人事局备案，占用编制名额，单位不能单独决定人员去留，需报人事局审批，相当于过去的“铁饭碗”。
- 合同工：隶属临时聘请性质，不占用编制，单位对是否继续签约有绝对决定权。
福利方面：
- 在编员工：福利待遇由单位拟定后报人事局审批，遇政策调整可相应作出调整。通常包括“一金三险”，即住房公积金、养老保险、医疗保险、失业保险，具体交多少由国家限定。此外，根据各单位自己的情况，还可能有一些节假日补贴等。
- 合同工：所享受的一切福利根据合同中约定的条款确定，只要合同没变则待遇不变，受法律所约束。
综上所述，自收自支单位在编员工与合同工在编制、福利及单位对人员去留的决定权上存在显著差异。在编员工享有更稳定的编制保障和更全面的福利待遇，而合同工则相对灵活，但其福利待遇和去留问题更多依赖于合同条款和单位的决定。如有进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。