新公司法第89条主要规定了有限公司股东在特定情形下的股权回购请求权。以下是对该条文的详细司法解释：

一. 股权回购请求权的适用情形

根据《公司法》第八十九条，股东在以下情形下可以请求公司按照合理的价格收购其股权：

1. 公司连续五年盈利但未分配利润：当公司连续五年盈利，且符合本法规定的分配利润条件，但未向股东分配利润时，投反对票的股东可以请求公司回购其股权。这一条款旨在保护股东在公司长期盈利却未分配利润的情况下的权益，防止股东利益被控股股东或管理层长期“占用”。

2. 公司重大资产变动：在公司合并、分立、转让主要财产的情况下，投反对票的股东同样可以请求公司回购其股权。这一条款的立法宗旨是防止股东在公司战略调整过程中利益受到损害，尤其是在公司财产发生重大变动可能对股东投资利益造成不利影响时。

3. 公司章程修改导致公司存续：当公司章程规定的营业期限届满或者章程规定的其他解散事由出现，但股东会通过决议修改章程使公司存续时，投反对票的股东也可以请求公司回购其股权。这为公司股东提供了一个在公司重大决策中的退出机制。

二. 股权回购请求权的行使程序

1. 参会并投反对票：股东要行使股权回购请求权，必须在股东会上明确表明反对意见并记录在案。

2. 协商与诉讼：自股东会决议作出之日起六十日内，股东与公司应首先进行股权回购的协商。若双方未能达成一致，股东可以自股东会决议作出之日起九十日内向人民法院提起诉讼，要求司法确认其回购请求。

三. 控股股东滥用权利时的股权回购

新公司法第八十九条第三款新增规定，当公司的控股股东滥用股东权利，严重损害公司或其他股东利益时，其他股东也有权请求公司按照合理价格回购其股权。这一条款为中小股东提供了在遭受大股东压迫时的法律救济途径。

四. 股权回购后的处理

公司因本条第一款、第三款规定的情形收购的本公司股权，应当在六个月内依法转让或者注销，以确保公司资本的稳定和合规性。

五. 司法实践中的难点与注意事项

1. 证据收集：股东在请求回购时，必须提供充分的证据，证明公司在特定情况下未履行法定的分红义务或存在其他违法行为。如仅凭不分配利润的情况不足以构成回购请求的有效理由，股东应证明公司在盈利且符合分红条件的情况下未分配利润。

2. 合理价格的确定：在协商或诉讼过程中，如何确定股权的合理价格是双方争议的焦点。法院一般会指定评估机构对股权价格进行评估，通常以净资产为标准。

3. 内部解决优先：法院倾向于支持股东首先通过公司内部程序解决争议，只有在内部程序无法解决时，才会考虑司法干预。

我建议股东在行使股权回购请求权时，应充分了解相关法律规定和程序要求，确保自身权益得到有效保护。如有进一步需要，您可以继续咨询我。