当实际掌控人不是法人代表且涉及案件时，处理起来需要综合考虑多个方面。以下是我为您详细梳理的处理步骤和建议：

1. 明确实际控制人身份：

   • 首先，要尽力收集能证明实际控制人身份的材料。这些材料可能包括公司的股东会决议、公司文件、往来邮件等，从中找出实际控制人参与公司重大决策的痕迹或对公司事务的指示，以明确其身份。

2. 申请追加被执行人：

   • 在案件执行阶段，如果实际控制人有无偿接受公司财产，导致公司没有财产可供执行等情况，可以向法院申请把实际控制人追加为被执行人。法院在审查后，如果认为申请有理有据，会支持追加申请。

3. 追究个人责任：

   • 如果实际控制人滥用控制权，损害了债权人的利益，可以依据《公司法》的相关规定，通过诉讼要求其对公司债务承担连带责任。这一步骤旨在让实际控制人为自己的行为负责，保护债权人的合法权益。

4. 采取司法限制措施：

   • 可以通过司法途径，限制实际控制人出境，同时在征信系统记录其不良信息，甚至可以通过媒体公布其不履行义务的信息。这些措施旨在迫使实际控制人履行义务，维护法律尊严和债权人利益。

5. 关注公司法人制度的变化：

   • 值得注意的是，新修订的《中华人民共和国公司法》对法定代表人制度进行了完善，明确公司的法定代表人不再是天然的第一责任人，而是代表公司执行公司事务。这一变化有助于防止法定代表人被不当地用来承担责任，但在实际操作中仍需关注具体案件情况和法律规定。

综上所述，处理实际掌控人不是法人代表且涉及案件的情况时，需要综合运用法律手段，从多个角度进行考虑和分析。如果您在具体操作中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。