投标保证金分两次缴纳可能会产生不利影响。以下是对此问题的详细分析：
一. 法律与实际操作角度
法律未明确规定：
- 《中华人民共和国招标投标法》及其实施条例中，并未明确规定投标保证金不能分次缴纳。但从实际操作角度和财务规定出发，投标保证金通常要求一次性缴纳。
实际操作与财务规定：
- 根据常见的投标保证金缴纳方式，如现金、银行汇票、银行本票、支票或投标保函等，这些方式都倾向于一次性完成保证金的提交。特别是现金和支票方式，分次缴纳会带来操作上的不便和财务处理上的复杂性。
二. 招标文件的要求
招标文件的约定：
- 在实际操作中，招标人通常会在招标文件中明确规定投标保证金的缴纳方式和时间要求。投标人需要按照招标文件的要求进行操作，否则可能会导致投标无效。
未按时足额缴纳的影响：
- 如果因为分多次转账导致未能在规定的截止时间内将足额的保证金缴纳到指定账户，就会导致废标。例如，招标文件规定投标保证金必须在某一具体时间前到账，若分次缴纳导致最后一笔转账延迟，就会违反这一要求。
三. 可能导致废标的其他情况
金额不足：
- 多次转账后金额不足也会导致废标。例如，要求保证金为80万元，投标方分两次转账，但总金额未达到80万元，这同样会导致投标无效。
不符合转账要求：
- 招标文件可能会规定保证金的转账方式，如必须通过基本账户转账等。如果投标方在分多次转账过程中，有部分转账不符合要求，就可能被废标。
备注信息不完整：
- 有些招标方要求在转账备注中注明投标项目名称、投标单位名称等关键信息。如果分多次转账时，部分转账没有正确备注或者备注信息不完整，也可能引发问题。
四. 我的建议
- 我建议投标人在提交投标保证金时，严格按照招标文件的要求操作，尽量一次性足额缴纳保证金。
- 如果确实需要分多次转账，务必确保每一次转账都符合要求，并且能够在规定时间内足额缴纳。同时，要与招标方或招标代理机构保持良好的沟通，避免因为保证金转账问题而导致废标。
综上所述，虽然法律没有明确规定投标保证金不能分次缴纳，但从实际操作角度、财务规定以及招标文件的要求出发，分次缴纳投标保证金可能会带来不利影响。因此，我建议投标人尽量避免分次缴纳投标保证金，以确保投标活动的顺利进行。