关于“当事人基于不同法律关系起诉是否超过时效”的问题，这确实是一个涉及诉讼时效与法律关系判定的复杂问题。首先，我们需要明确的是，诉讼时效的适用是基于具体的法律关系来确定的，不同的法律关系可能适用不同的诉讼时效规定。
核心结论：
- 当事人基于不同的法律关系起诉，其诉讼时效的判断需依据各自法律关系所对应的法律规定。
- 若某一法律关系已超过其对应的诉讼时效，则基于该法律关系的起诉可能会因时效问题而被驳回。
- 若多个法律关系并存，且各自独立，则每个法律关系的诉讼时效应分别计算。
详细分析：
- 诉讼时效的法律规定：根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，不同的法律关系（如合同关系、侵权关系、婚姻关系等）可能适用不同的诉讼时效期间。例如，一般合同的诉讼时效为三年，而某些特定类型的合同（如租赁合同）可能有特殊的诉讼时效规定。
- 法律关系的判断：在判断当事人基于何种法律关系起诉时，需仔细审查案件事实，明确当事人之间的权利义务关系。这通常涉及对合同、协议、侵权行为、法律事实等证据的分析和认定。
- 时效的起算与中断：诉讼时效的起算时间通常从权利人知道或应当知道自己权利被侵害之日起计算。同时，诉讼时效还可能因特定事由（如权利人提出履行请求、义务人同意履行义务等）而中断，导致诉讼时效重新计算。
- 多个法律关系的处理：若当事人基于多个独立的法律关系起诉，法院将分别审查每个法律关系的诉讼时效。若某一法律关系已超过诉讼时效，则法院可能仅就其他未超过诉讼时效的法律关系进行审理。
实例说明：
- 假设甲与乙之间存在一份买卖合同关系，同时甲又认为乙侵犯了其某项知识产权。若甲基于买卖合同关系起诉乙要求支付货款，则需适用买卖合同对应的诉讼时效规定；若甲基于知识产权侵权关系起诉乙要求赔偿损失，则需适用侵权关系对应的诉讼时效规定。两者各自独立，互不影响。
综上所述，当事人基于不同法律关系起诉时，其诉讼时效的判断需依据各自法律关系所对应的法律规定进行。若您在具体案件中遇到此类问题，建议详细咨询专业律师以获取准确的法律意见。