当您申请财产保全却发现对方公司基本户没钱时，不要过于担心，仍有多种措施可以帮助您维护自己的合法权益。以下是一些具体的建议：

1. 进一步调查其他财产：

   • 您可以通过不动产登记中心、车辆管理所、工商登记部门等多渠道，进一步调查对方公司名下是否有房产、车辆、股权等其他可执行的财产。这些财产同样可能被用于偿还债务。

2. 关注对方后续经济活动：

   • 密切关注对方公司的后续经济活动，特别是其收入情况。一旦对方公司有收入进账，您可以及时申请恢复执行，并请求法院扣划相应款项以偿还债务。

3. 请求法院冻结对方收入：

   • 即便对方公司当前账户没钱，您也可以尝试请求法院对其后续的收入进行冻结。这样，对方公司未来的工资、经营收益等都可能被保全，用于保障您的权益。

4. 与对方沟通协商：

   • 尝试与对方公司进行沟通协商，了解其经济困难的原因，并探讨是否能达成和解协议。通过协商，双方可以约定分期履行或以其他资产进行抵偿，从而解决债务问题。

5. 要求对方提供其他财产担保：

   • 您可以要求对方公司提供其他财产作为担保，以替代被保全的账户财产。如果对方提供了有效的担保，您可以考虑解除对原账户的保全措施，同时确保担保财产的合法性和有效性。

6. 与执行法官保持密切沟通：

   • 与执行法官保持紧密沟通，及时汇报对方公司财产状况的变化情况，并请求法官采取进一步的执行措施。法官可能会根据您的申请和提供的线索，采取更多有效的执行手段。

7. 防范恶意转移财产：

   • 如果发现对方公司有恶意转移财产的行为，您可以及时向法院申请撤销其转移行为，并追回被转移的财产。这需要您收集相关证据，并向法院提出申请。

综上所述，即使对方公司基本户没钱，您仍可以通过多种途径来维护自己的合法权益。建议您积极主动采取行动，密切关注对方公司的财产动态，并与执行法官保持良好沟通，配合法官的工作，提供相关线索和证据。