合作协议上店名写错一个字，其有效性取决于具体情况。下面我将从几个方面详细分析这个问题：
如果店名错别字不影响识别：
- 在合作协议上，如果店名仅仅是因为笔误或者打字错误写错了一个字，但整体上仍然能够清晰识别出是哪家店，且双方当事人在签订协议时都明确知道这个错误，并且有其他证据（如双方沟通记录、实际履行情况等）能够证明双方的真实意思，那么这份协议仍然是有效的。
如果店名错别字导致无法确定主体：
- 如果店名的错别字导致无法准确识别出是哪家店，或者因为错别字而产生了歧义，使得协议中的一方或双方对店名的具体指向产生了误解，那么这份协议就可能存在重大瑕疵，甚至可能被视为无效。因为在这种情况下，协议中的关键信息（即店名）出现了错误，导致无法确定协议的具体履行主体。
法律建议：
- 为了避免因店名写错而引发的法律纠纷，建议在签订合作协议时，双方都应该仔细核对协议中的所有信息，确保店名的准确无误。
- 如果发现店名写错，应该及时与对方沟通，协商更正协议内容，并重新签订或者以书面形式确认更正后的内容。
- 如果因为店名写错而引发了法律纠纷，建议尽快咨询专业律师，寻求法律帮助，以维护自己的合法权益。
综上所述，合作协议上店名写错一个字是否有效，需要根据具体情况来判断。如果错别字不影响识别，且有其他证据证明双方的真实意思，那么协议仍然有效；如果错别字导致无法确定主体，或者产生了歧义，那么协议就可能存在重大瑕疵甚至无效。因此，在签订合作协议时，务必确保所有信息的准确无误。