结论前置：建设工程合同纠纷的诉讼时效期间通常为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。但需注意，诉讼时效的起算点、中止、中断和延长等情形可能影响实际计算。

一、基本诉讼时效期间

根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。因此，建设工程合同纠纷也适用这一诉讼时效规定。

二、诉讼时效的起算点

建设工程合同纠纷的诉讼时效起算点根据具体情况有所不同：

1. 工程款支付纠纷：

   • 合同有约定付款时间的，从应付款之日起算。例如，若合同约定工程竣工验收合格后30日内支付剩余工程款，而工程于某日竣工验收合格，则诉讼时效从该日后30日的次日起算。
   • 合同未约定付款时间的，根据工程是否交付、是否结算等情形确定起算点。如工程已实际交付，则从交付之日起算；工程未交付且未结算的，可能从当事人起诉之日起算。

2. 工程质量纠纷：

   • 一般从知道或应当知道质量问题存在之日起计算。例如，建筑物交付使用后发现墙体裂缝等质量问题，业主发现该问题的日期即为诉讼时效起算点。

3. 其他情形：

   • 若建设工程合同被解除，诉讼时效从合同解除之日起算。
   • 若建设工程已竣工并交付使用，但后续发现其他与合同有关的纠纷，诉讼时效的起算点需根据具体情况确定。

三、诉讼时效的中止、中断和延长

1. 诉讼时效中止：

   • 在诉讼时效期间的最后六个月内，因特定事由（如不可抗力、无民事行为能力人或者限制民事行为能力人没有法定代理人等）导致权利人不能行使请求权的，诉讼时效中止。

2. 诉讼时效中断：

   • 权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务或权利人提起诉讼或申请仲裁等情形，均可导致诉讼时效中断。中断后，诉讼时效期间重新计算。

3. 诉讼时效延长：

   • 自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。但有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。

四、实际案例应用

以工程款支付纠纷为例，若建设单位与施工单位签订的施工合同约定，工程竣工验收合格后30日内支付剩余工程款。工程于2023年5月1日竣工验收合格，则建设单位应在2023年5月31日前支付剩余工程款。若建设单位未按时支付，施工单位从2023年6月1日起就知道或应当知道自己的权利受到侵害，此时诉讼时效开始计算。若施工单位在三年内（即2026年5月31日前）未向建设单位主张权利，也未发生诉讼时效中断的情形，则之后再向法院起诉，建设单位可以提出诉讼时效抗辩。

综上所述，建设工程合同纠纷的诉讼时效期间为三年，但具体起算点需根据合同内容、工程实际情况及法律规定综合判断。同时，需注意诉讼时效的中止、中断和延长等情形对实际计算的影响。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。