关于“施工单位法人代表交给公司的保证金能否扣除”的问题，首先我们需要明确几个核心要点：保证金的性质、交付的目的以及相关的法律规定。

核心结论：施工单位法人代表交给公司的保证金，在一般情况下不能随意扣除，除非符合特定的法律条件或合同约定。

分析说明：

1. 保证金的性质：保证金通常是为了保障合同履行或某种特定义务的实现而交付的一笔钱款。其性质上属于担保性质，旨在确保施工单位的法人代表能够按照约定履行其义务。

2. 交付目的：施工单位法人代表交付保证金，通常是为了证明其诚意和能力，以及作为对合同履行的一种担保。这笔保证金在合同正常履行完毕后，通常应当如数退还。

3. 法律规定与合同约定：

   • 根据相关法律法规，保证金的处理应当遵循合同约定和法律规定。如果合同中有明确约定保证金的扣除条件，那么在这些条件成就时，公司有权按照约定扣除保证金。
   • 如果合同中没有明确约定，或者约定不明确，那么公司不能随意扣除保证金。此时，任何扣除行为都可能构成违约，甚至可能引发法律纠纷。

4. 特殊情况：

   • 如果施工单位法人代表存在违约行为，且该违约行为导致公司遭受损失，那么公司可能有权根据合同约定或法律规定，从保证金中扣除相应的损失赔偿。
   • 另外，如果保证金被用作某种特定用途（如支付工人工资、材料款等），且这些用途在合同中有明确约定，那么公司也可能有权在相应情况下使用或扣除保证金。

法律建议：

• 在处理保证金问题时，公司应当严格遵守合同约定和法律规定，确保自身行为的合法性和合规性。
• 如果公司认为有必要扣除保证金，应当首先检查合同中是否有明确的扣除条件，并确保这些条件已经成就。
• 如果合同中没有明确约定，或者公司对于保证金的处理存在疑问，建议咨询专业律师，以避免潜在的法律风险。

综上所述，施工单位法人代表交给公司的保证金在一般情况下不能随意扣除。任何扣除行为都应当基于明确的合同约定或法律规定，并确保符合相关程序和要求。