关于工程赔偿款是否需要开发票的问题，这主要取决于赔偿款的性质以及相关的税法规定。

首先，如果工程赔偿款是因为商家未能严格按照合同约定提供物资或服务，从而导致购买方收取的违约罚金，这种性质的赔偿款通常并不属于应缴纳税费的范畴。因此，在这种情况下，收款方一般不能够开具相应的发票，供应方也无需获取发票，只需凭借经济合同以及相关的收款凭证等文件资料，便可在税前列支全部金额。

然而，如果施工补偿款涉及到应税行为，如增值税等，那么收款方就有义务依法开具发票。发票是税务管理的重要凭证，能够确保税收的准确征收和监管。例如，在建筑工程领域，如果因施工变更等原因产生了补偿款，并且该补偿款与应税项目相关，那么收款方就必须开具相应的发票。

此外，还需要注意的是，并不是所有的违约金和赔偿金等费用都不需要开具发票。当这些费用被视为价外费用，且符合税法规定的应税情形时，就必须要取得相应的发票才能够进行财务处理。

综上所述，工程赔偿款是否需要开发票，需要根据具体的赔偿性质、税法规定以及交易情况来判断。如果对于具体情况存在疑问，建议咨询专业的税务机构或法律顾问，以确保合规处理。