在劳动仲裁中，可以同时起诉分公司和总公司。但具体能否将两者同时列为被申请人，需根据分公司的法人资格及实际情况来判断。
分公司无独立法人资格：
- 若分公司不具备独立法人资格，其民事责任由总公司承担。在劳动争议中，如分公司无法支付工资、补偿等，总公司需承担补充清偿责任。此时，劳动者可将总公司列为共同被申请人。
分公司有独立法人资格：
- 若分公司具备独立法人资格，通常应以分公司为劳动仲裁的被申请人。但在某些特殊情况下，如总分公司人格混同（如财务、业务人员高度混同），且分公司无法承担责任时，劳动者可列总公司为被申请人，要求其承担连带责任。此时，需收集相关证据以证明总分公司间的人格混同。
综上所述，在劳动仲裁中，劳动者可根据分公司的法人资格及实际情况，选择是否将分公司和总公司同时列为被申请人。若需进一步了解具体操作或咨询相关问题，请直接向我提问，我将为你提供专业解答。