是的，房产证不到两年卖房子，协议中确实需要写清楚增值税的相关事宜。

在房产交易中，特别是当房产证不到两年时，根据相关规定，通常需要缴纳一定的增值税。因此，在卖房协议中明确增值税的承担方、计算方式以及支付时间等细节是非常重要的。这样做可以确保双方在交易过程中对增值税有清晰的了解和明确的约定，从而避免后续产生纠纷。

具体来说，协议中应包含以下几点关于增值税的内容：

1. 增值税的承担方：明确是由卖方还是买方承担增值税，或者双方按比例分担。
2. 增值税的计算方式：根据房产的成交价格、面积以及当地税务部门的规定，详细列出增值税的计算公式。
3. 增值税的支付时间：约定增值税的支付时间，是在交易完成前还是完成后，或者是分阶段支付。
4. 相关税费的凭证：明确增值税的缴纳凭证由谁保管，以及如何提供给对方进行核查。

通过这些详细的约定，可以确保双方在房产交易过程中对增值税有充分的了解和准备，从而保障交易的顺利进行。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。