若上游企业虚开发票被查，下游企业应积极配合调查并采取措施维护自身合法权益。具体分析如下：

一. 积极配合税务部门调查

1. 提供必要资料：下游企业应主动向税务部门提供与上游企业的交易合同、付款凭证、入库单等证明业务真实性的资料。

   • 例如，若下游企业确实与上游企业有真实交易，且支付了相应款项，那么提供这些资料可以有力证明交易的真实性。

2. 如实陈述情况：在税务部门询问时，下游企业应如实陈述与上游企业的交易情况，包括交易内容、金额、时间等。

二. 检查自身税务合规性

1. 自查税务申报：下游企业应自查与上游企业交易相关的税务申报是否正确，如增值税、所得税等是否按规定申报缴纳。

2. 整改不合规行为：如发现自身存在税务不合规行为，如下游企业未按规定取得合规发票等，应及时整改并补缴相应税款。

三. 与上游企业沟通协商

1. 了解虚开原因：下游企业可与上游企业沟通，了解虚开发票的具体原因，以便采取相应措施。

2. 协商解决方案：若上游企业确实存在虚开发票行为，双方可协商解决方案，如上游企业重新开具合规发票、下游企业退回虚开发票等。

四. 寻求法律救济途径

1. 行政复议或诉讼：如下游企业认为税务部门的处理决定有误，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。

   • 例如，若税务部门错误地认为下游企业参与了上游企业的虚开发票行为，并对下游企业进行了处罚，那么下游企业可以通过行政复议或诉讼来维护自身权益。

2. 民事赔偿：若上游企业的虚开发票行为给下游企业造成了经济损失，下游企业可依法向上游企业提起民事赔偿诉讼。

我建议：下游企业在面对上游企业虚开发票被查的情况时，应保持冷静并积极配合税务部门的调查。同时，应检查自身税务合规性，及时整改不合规行为。与上游企业沟通协商，了解虚开原因并寻求解决方案。如有必要，可寻求法律救济途径来维护自身合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。