在孩子父亲被羁押的情况下，进行亲子鉴定需要遵循特定的程序和规定。

一. 与羁押机关沟通

1. 提出亲子鉴定申请：首先，你需要向羁押孩子父亲的机关（如看守所、监狱等）提出进行亲子鉴定的申请。这一步骤是必要的，因为羁押机关需要了解你的请求并评估其可行性和安全性。
2. 遵循羁押机关的规定：羁押机关可能会有一系列关于亲子鉴定的规定和程序，你需要严格遵循这些规定。例如，他们可能会要求你提供相关的身份证明文件、亲子鉴定机构的资质证明等。

二. 选择亲子鉴定机构

1. 确保机构资质：在选择亲子鉴定机构时，务必确保其具有合法的鉴定资质和专业的鉴定人员。你可以通过查询相关机构的官方网站或咨询当地司法行政部门来验证其资质。
2. 与机构沟通：与选定的亲子鉴定机构沟通，说明具体情况，包括孩子父亲被羁押的情况、鉴定目的等。机构会根据这些信息来制定具体的鉴定方案。

三. 进行亲子鉴定

1. 样本采集：亲子鉴定机构会安排专业人员前往羁押机关进行样本采集。这通常包括采集孩子和父亲（如可能）的生物样本，如血液、毛发等。在采集过程中，需要确保样本的真实性和完整性。
2. 鉴定过程：采集完样本后，亲子鉴定机构会进行实验室鉴定。这一过程中，鉴定人员会运用专业的技术和设备对样本进行分析和比对，以得出准确的鉴定结果。
3. 结果出具：鉴定完成后，亲子鉴定机构会出具正式的鉴定报告。这份报告将详细阐述鉴定过程、结果及结论。你可以根据这份报告来了解孩子与父亲之间的亲子关系。

我建议：在整个过程中，务必保持与羁押机关和亲子鉴定机构的密切沟通，确保所有程序的顺利进行。同时，也要注意保护个人隐私和信息安全，避免泄露不必要的个人信息。如有进一步需要，您可以继续咨询我。