逾期后出具结清证明，并不意味着款项就一定已经还完。具体分析如下：

1. 结清证明的含义：结清证明通常是由债权人（如银行、贷款机构或个人出借人）出具的一份文件，用于证明债务人已经偿还了全部债务。然而，这份证明的真实性、有效性以及是否确实代表了债务的全部清偿，需要具体情况具体分析。

2. 可能的情况：

   • 真实且有效的结清证明：如果结清证明是真实且有效的，且债权人确实认可债务人已经偿还了全部债务，那么可以认为款项已经还完。
   • 结清证明存在瑕疵：如果结清证明存在瑕疵，如伪造、篡改或债权人并未实际认可债务清偿，那么这份结清证明就不能作为债务已经清偿的依据。
   • 附加条件或后续义务：在某些情况下，即使出具了结清证明，也可能存在附加条件或后续义务。例如，债务人可能需要支付额外的费用、利息或履行其他约定的义务，才能被视为真正完成了债务清偿。

3. 法律建议：

   • 核实结清证明：在收到结清证明后，债务人应仔细核实其真实性、有效性以及是否确实代表了债务的全部清偿。
   • 保留证据：无论是债务人还是债权人，都应妥善保留与债务清偿相关的所有证据，以备不时之需。
   • 咨询专业意见：如果对于结清证明或债务清偿存在任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师或相关法律机构，以获取专业的法律意见和帮助。

综上所述，逾期后出具结清证明并不直接等同于款项已经还完。债务人应仔细核实结清证明的真实性、有效性以及是否确实代表了债务的全部清偿，并妥善保留相关证据。如有任何疑问或争议，建议及时向我咨询。