在处理双方不承认串标的情况时，首先需要明确的是，串标行为，即串通投标，是违法的，并且会损害招标人或其他投标人的利益，以及国家、集体、公民的合法权益。如果双方均不承认串标，那么处理的关键在于证据的收集和审查。

一、核心结论：

双方不承认串标时，应依据证据来处理。公安机关或相关部门会广泛收集各类证据，形成完整的证据链。若证据充足，即便当事人不承认，也能认定其构成串通投标罪。

二、详细分析：

1. 证据收集：

   • 投标文件比对：仔细比对不同投标人的投标文件，关注是否存在高度相似或完全相同的情况。
   • 报价分析：分析各投标人的报价，查找是否存在规律性差异或异常一致的情况。
   • 人员关联调查：查询不同投标人的关键人员之间是否存在亲属关系、工作调动关系等关联。
   • 资金往来审查：检查投标人之间是否存在异常的资金往来，特别是与投标项目相关的转账记录。
   • 电子数据收集：检查与招标、投标相关的电子邮件、即时通讯记录等，寻找串通的线索。
   • 证人证言收集：向参与招投标工作的人员或其他知情人员了解串标情况，并记录他们的陈述。

2. 证据审查与认定：

   • 公安机关或相关部门会综合上述收集的证据，进行审查和分析，形成完整的证据链。
   • 若证据足够充分，即便犯罪嫌疑人不承认，也能依据证据认定其构成串通投标罪。

3. 法律后果：

   • 根据《刑法》规定，犯串通投标罪且情节严重的，会被处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
   • 如果是单位犯罪，还会对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法进行处罚。

4. 应对建议：

   • 如果被指控串标，应积极配合相关部门的调查，如实陈述情况并提供证据。
   • 如果对认定结果不服，可以申请行政复议或提起行政诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。

综上所述，双方不承认串标时，关键在于证据的收集和审查。只有形成完整的证据链，才能依法对串标行为进行认定和处理。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。