结论前置：与银行协商还款并签订三年合同后，如果你的银行卡是贷款合同约定的还款账户，且银行有依据合同划扣款项的权利，那么在特定情况下（如逾期未还款），银行确实有可能从你该银行卡中划走钱款以偿还贷款。但这并不影响你正常使用该银行卡进行其他非还款相关的交易。
详细分析：
合同条款的影响：
- 当你与银行签订贷款合同时，合同中通常会明确约定还款方式、还款账户以及银行在何种情况下有权从该账户划扣款项。
- 如果合同明确规定了银行有权在逾期未还款时从指定账户划扣，那么银行在符合合同约定的情况下进行划扣是合法的。
银行卡的正常使用：
- 签订贷款合同并不意味着你的银行卡就不能用于其他交易。只要银行卡内余额充足，且交易不涉及违反合同或法律的行为，你仍然可以正常使用该银行卡进行消费、转账等。
避免逾期与违约：
- 为了避免银行从你的银行卡中划扣款项以偿还贷款，最重要的是确保按时还款，不产生逾期。
- 如果确实遇到还款困难，应及时与银行沟通，寻求延期还款或调整还款计划的可能性。
法律保障与权益：
- 如果银行在未经过你同意或未依据合同约定的情况下擅自划扣款项，你有权向银行提出异议，并要求银行提供划扣的依据。
- 在必要时，你也可以寻求法律途径来维护自己的合法权益。
综上所述，与银行协商还款并签订三年合同后，银行在特定情况下确实有可能从你的银行卡中划走钱款以偿还贷款。但这并不影响你正常使用该银行卡进行其他交易。为了确保自己的权益，建议你仔细阅读合同条款，并按时还款以避免逾期和违约。如果有任何疑问或问题，可以直接向我咨询。