自己写的协议双方签字后通常是有效的，但这也取决于协议是否满足一系列法律要求。以下是对这一问题的详细分析：

1. 协议的有效性条件：

   • 内容合法：协议内容不得违反法律法规的强制性规定，也不能是非法约定。例如，约定进行非法买卖的协议是无效的。
   • 真实意愿：协议必须是双方真实意思的体现，不能存在一方欺骗、逼迫另一方的情况。如果存在欺诈、胁迫等情形，协议的效力可能会受到影响。
   • 特殊形式要求：如果协议涉及到特殊物品或特定的主体，如不动产买卖，可能还需要满足特别的形式要求，如办理登记手续。

2. 签字的意义：

   • 签字是当事人对协议内容予以认可并表示同意的行为。双方签字后，通常意味着协议已经成立并生效（除非存在上述无效或可撤销的情形）。

3. 公证的作用：

   • 虽然公证不是协议生效的必备条件，但经过公证的协议具有更高的法律效力，能显著增强其证明力和公信力。
   • 公证过程中，公证员会对协议的具体内容和当事人的身份信息进行严格审查，确保协议的真实性、合法性和有效性。

4. 无效或可撤销的情形：

   • 如果协议存在恶意串通损害他人利益、以合法形式掩盖非法目的等情形，协议可能被认定无效。
   • 如果协议存在重大误解、显失公平等可撤销事由，一方可以行使撤销权，撤销后协议自始无效。

综上所述，自己写的协议在双方签字后通常是有效的，但前提是协议内容合法、体现双方真实意愿，并满足可能存在的特殊形式要求。如果协议涉及重大事项或存在疑问，建议咨询专业律师以确保协议的合法性和有效性。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我提问。