对于农民工工程款没有有效证据的情况，法庭将依据现有证据和法律规定进行裁决，可能会面临败诉的风险。具体分析如下：

一. 证据的重要性与缺失证据的影响

1. 证据是诉讼的关键：在诉讼中，证据是证明案件事实的关键，它直接关系到诉讼的胜负。对于农民工工程款纠纷，有效的证据是证明工程款存在及金额的重要依据。
2. 缺失证据可能导致败诉：如果农民工没有提供足够的有效证据来支持其主张，法庭将难以认定其主张的事实，从而可能导致农民工败诉。

二. 法庭的处理方式

1. 依据现有证据进行裁决：法庭将依据双方提供的证据进行审理，并据此作出裁决。如果农民工提供的证据不足或没有证据，法庭将依据对方提供的证据或法律规定进行裁决。
2. 可能的不利后果：由于缺失关键证据，农民工可能面临败诉的风险，即无法追回工程款或仅能获得部分工程款。

三. 法律建议与应对策略

1. 积极收集证据：尽管当前可能缺乏有效证据，但农民工仍应积极收集可能存在的证据，如施工记录、通讯记录、证人证言等，以尽可能证明其主张。
2. 寻求法律援助：农民工可以寻求法律援助机构的帮助，以获得专业的法律建议和支持，提高诉讼的成功率。
3. 考虑调解或和解：在证据不足的情况下，通过调解或和解的方式解决纠纷可能是一个更为实际的选择。这可以避免因证据不足而导致的败诉风险，并有可能更快地获得工程款。

我建议，农民工在面临工程款纠纷时，应尽可能收集证据，并寻求专业的法律援助。同时，也要考虑通过调解或和解的方式解决纠纷，以最大程度地保护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。