开短视频小店收取佣金是否合法，主要取决于具体的经营行为、合同约定以及是否遵守了相关法律法规。下面我从几个角度进行详细分析：

1. 经营行为的合法性：

   • 如果短视频小店的经营行为本身合法，比如销售的商品或服务不违反法律法规，且按照相关规定办理了营业执照等必要手续，那么收取佣金作为经营收入的一部分，通常是合法的。

2. 合同约定的合法性：

   • 短视频小店在收取佣金时，应与相关方（如商品供应商、服务商等）签订明确的合同或协议，约定佣金的收取比例、方式、时间等具体内容。这份合同或协议应遵守《中华人民共和国合同法》等相关法律法规，确保双方权益得到保障。

3. 遵守相关法律法规：

   • 短视频小店在经营过程中，应遵守《中华人民共和国电子商务法》、《中华人民共和国消费者权益保护法》等相关法律法规，确保经营行为合法合规。例如，不得进行虚假宣传、不得侵犯消费者权益等。

4. 税务合规性：

   • 短视频小店收取的佣金属于经营收入，应按照相关税法规定进行申报和缴纳税款。如果未依法纳税，将可能面临税务部门的处罚。

综上所述，开短视频小店收取佣金在遵守相关法律法规、合同约定以及税务合规性的前提下，是合法的。但请注意，具体情况可能因地区、行业、经营方式等因素而有所不同。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。