自然资源行政诉讼存在的问题主要包括诉讼主体资格不明确、管辖权争议、证据规则适用不统一以及法律适用难题，针对这些问题，可以从立法、司法和行政三个层面采取相应的解决措施。

一. 自然资源行政诉讼存在的问题

1. 诉讼主体资格不明确：在自然资源行政诉讼中，诉讼主体资格往往成为争议的焦点。例如，某些自然资源权益的归属可能涉及多个主体，导致在诉讼中难以确定适格的原告或被告。

2. 管辖权争议：由于自然资源行政诉讼往往涉及跨区域的资源争议，因此在管辖权上经常存在争议。不同法院之间可能因对案件性质的理解不同，而对管辖权产生分歧。

3. 证据规则适用不统一：在自然资源行政诉讼中，证据的收集和认定往往面临诸多困难。例如，如何认定遥感数据、监测报告等科技证据的效力，以及如何处理因时间流逝而难以获取的证据等，都是实践中亟待解决的问题。

4. 法律适用难题：自然资源行政诉讼涉及的法律关系复杂，且往往与多个法律法规相交叉。这导致在法律适用上可能存在歧义或冲突，给案件的审理带来困难。

二. 解决措施

1. 完善立法：

   • 明确诉讼主体资格：通过立法明确自然资源权益的归属和诉讼主体资格，减少因主体不明确而引发的争议。
   • 统一证据规则：制定专门的证据规则，明确科技证据的认定标准和程序，以及处理难以获取证据的方法。

2. 加强司法：

   • 明确管辖权：通过司法解释或指导性案例，明确自然资源行政诉讼的管辖权标准，减少管辖权争议。
   • 统一法律适用：加强司法审判的规范性和统一性，确保同类案件得到相同或相似的处理结果。

3. 改进行政：

   • 加强行政监管：自然资源行政部门应加强对资源利用和保护的监管力度，减少因违法违规行为而引发的诉讼。
   • 提高行政效率：优化行政程序，提高行政效率，确保行政决定的合法性和合理性，从而减少行政诉讼的发生。

我建议，在立法、司法和行政三个层面共同发力，以有效解决自然资源行政诉讼中存在的问题。同时，也应加强公众对自然资源保护的意识，形成全社会共同参与的良好氛围。如有进一步需要，您可以继续咨询我。