关于行政违法案件司法鉴定费用的支付问题，以下是根据不同情况给出的详细解答：

1. 一般原则：

   • 在行政诉讼中，鉴定费用的承担通常遵循“败诉方承担”的原则。也就是说，如果鉴定结果对某一方有利，并且该方最终胜诉，那么鉴定费用应由败诉方来承担。

2. 特殊情况：

   • 双方分担：在某些情况下，如双方当事人对行政行为的合法性等争议事项都存在一定过错，或案件结果是双方部分胜诉、部分败诉，人民法院可根据案件具体情况决定由双方当事人分担鉴定费用。
   • 申请人预付与最终承担：启动鉴定程序时，一般由申请人先行预付鉴定费用。待案件审理终结后，再按照上述承担规则确定最终由谁来承担该笔费用。
   • 当事人约定：如果双方当事人在诉讼前或诉讼过程中就鉴定费用的承担问题进行了协商，并达成了一致意见，那么鉴定费用的承担应按照双方的约定来执行。

3. 刑事诉讼中的特殊情况：

   • 在刑事诉讼过程中，司法鉴定的相关费用往往应由国家财政承担。

4. 实践中的做法：

   • 在实际的行政执法实践中，关于自然资源行政处罚涉及的鉴定费和评估费，一般的做法是由负责办案的行政执法机关先行承担。但这并非法律规定，而是实践中的通常做法。

综上所述，行政违法案件司法鉴定费用的支付问题并没有一个固定的答案，而是需要根据具体情况来判断。在处理这类问题时，应充分考虑诉讼结果、鉴定必要性、当事人约定以及地区差异等因素，并遵循当地法院的相关规定和实践做法。如果您有具体的案件或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况给出更详细的解答。