当被告不承认是自己本人时，处理方式会因案件性质的不同而有所差异，但核心在于通过证据来确认被告的身份。以下是从民事案件和刑事案件两个角度进行的详细分析：

民事案件

1. 原告举证责任：在民事案件中，如合同签署人身份存疑，原告需承担举证责任，提供多种证据来证明被告身份。这些证据包括但不限于笔迹鉴定、指纹鉴定、证人证言、交易记录以及通讯记录等。例如，原告可以通过专业机构对合同上的笔迹与被告的笔迹样本进行对比，或者提供与被告身份、工作、生活等相关的特定信息来增强证据效力。

2. 法庭综合判断：若被告单纯否认自己身份却无合理说明或证据反驳，法庭会结合全案证据综合判断。一旦证据链能高度盖然性地证明被告身份，即便被告不承认，也可能被认定。法庭将依据证据规则和事实认定作出裁决。

刑事案件

1. 公诉机关举证：在刑事案件中，被告身份确认是关键环节。公诉机关会运用侦查手段收集证据，如DNA鉴定、现场监控、证人辨认等，来确认被告身份。这些证据通常具有更强的证明力。

2. 严格身份核实程序：若被告否认身份，法院会启动严格的身份核实程序，包括要求被告提供有效身份证件、核对立案阶段留存的被告联系方式信息、相关合同中记载的身份信息等。若经多方核实仍无法确认被告身份，案件的审理可能会受到影响，甚至可能被驳回起诉。

综合建议

• 积极准备证据：无论是民事案件还是刑事案件，原告或公诉机关都应积极准备并提供充分的证据来证明被告身份。证据应具有真实性、关联性和合法性。
• 配合法庭调查：被告应配合法庭的调查和询问，如实陈述自己的身份和情况。若被告有异议或否认身份，应通过合法的途径和方式表达，并提供相应的证据或合理说明。
• 尊重法庭裁决：最终，法庭将根据具体的情况和所掌握的证据作出公平公正的裁决。各方应尊重并履行法庭的裁决结果。

总之，当被告不承认是自己本人时，需要通过证据来确认其身份。在民事案件中，原告需承担举证责任；在刑事案件中，公诉机关会运用侦查手段收集证据。法庭将依据证据规则和事实认定作出裁决。