自然人独资有限公司的公章不一定有数字编码。

公章的制作和使用通常受到公司所在地区相关法律法规的规范，但并非所有地区的法律都强制要求公章必须包含数字编码。数字编码可能用于公章的防伪、识别或管理目的，但这并非普遍要求。

在一些地区，公司可能根据自身的需要或习惯，选择制作包含数字编码的公章，以便于公章的管理和使用。然而，也有一些公司可能选择制作不包含数字编码的公章，特别是当法律没有明确规定必须包含时。

因此，自然人独资有限公司的公章是否有数字编码，主要取决于公司所在地区的法律法规以及公司自身的选择和习惯。如果你对具体公司的公章情况有疑问，建议直接咨询该公司或相关机构以获取准确信息。