首先，需要明确的是，兄妹在做好保护措施下发生关系，这一行为本身在法律上是不被鼓励的，且可能涉及伦理道德和社会公序良俗的考量。

从法律层面分析，虽然我国法律并未明确规定兄妹之间的性行为是否违法，但这一行为可能触及到社会道德和伦理的底线。在大多数文化和法律体系中，近亲之间的性行为被视为不道德且可能引发一系列社会问题，如家庭关系破裂、遗传疾病风险增加等。

此外，即使采取了所谓的“保护措施”，也不能完全消除这一行为可能带来的负面影响。保护措施可能指的是避免怀孕或性传播疾病的措施，但这些并不能解决近亲性行为所带来的伦理和社会问题。

因此，从法律和道德的角度来看，兄妹之间应该避免发生性行为，无论是否采取了保护措施。如果兄妹之间存在感情纠葛或其他问题，建议寻求专业的心理咨询或家庭咨询，以找到更健康、合适的方式来处理彼此之间的关系。

总之，兄妹在做好保护措施下发生关系这一行为，虽然法律上可能未明确规定其违法性，但从伦理道德和社会公序良俗的角度来看，是不被鼓励和接受的。建议兄妹之间保持适当的距离和尊重，以维护家庭和谐和社会稳定。