首先，办理营业执照的店铺收益赚佣金是否合法，主要取决于具体的经营行为和商业模式。下面我将从几个角度来分析这个问题：

1. 合法经营与佣金：

   • 如果店铺在办理营业执照后，按照营业执照上注明的经营范围和方式合法经营，并且佣金的赚取是通过提供合法服务或销售合法产品来实现的，那么这种赚佣金的行为是合法的。
   • 佣金作为一种服务费用或销售提成，在商业活动中是常见的，只要其来源和计算方式合法，就受到法律的保护。

2. 违规经营与佣金：

   • 如果店铺在赚取佣金的过程中存在欺诈、虚假宣传、超范围经营等违法行为，那么这种赚佣金的行为就是不合法的。
   • 例如，如果店铺以虚假的商品或服务信息诱骗消费者，或者在没有相应资质的情况下提供专业服务，那么这种赚佣金的行为就可能构成违法。

3. 税收与佣金：

   • 店铺在赚取佣金后，需要按照税法规定缴纳相应的税款。如果店铺偷税漏税，那么即使佣金本身来源合法，也会因为税收违法行为而面临法律制裁。

4. 特殊行业的佣金规定：

   • 在某些特殊行业，如金融、保险、房地产等，佣金的计算和支付可能受到行业监管法规的限制。店铺在这些行业中赚取佣金时，需要确保遵守相关法规。

综上所述，办理营业执照的店铺收益赚佣金是否合法，取决于店铺的具体经营行为和商业模式。只要店铺合法经营、诚信守法，并且按照税法规定缴纳税款，那么赚佣金的行为就是合法的。如果店铺存在违法行为或税收违规行为，那么就可能面临法律制裁。因此，建议店铺在经营过程中严格遵守法律法规，确保佣金的合法性和合规性。