综合工时制度下的加班费计算方式主要依据劳动者在法定节假日、综合计算周期内的工作时间以及超出法定标准工作时间的部分来确定。以下是对综合工时制度下加班费计算方法的详细解释：

一、法定节假日加班

• 计算方式：不管是否处于综合计算周期，只要员工在法定节假日加班，单位都需要按照不低于劳动者本人日或小时工资的300%支付加班工资。
• 示例：若员工月工资为3000元，每月标准工作小时数为167小时，法定节假日加班8小时，则加班工资计算为：3000÷21.75÷8×300%×8=413.79元。

二、综合计算周期内加班

• 计算方式：在综合计算周期内，员工实际工作时间超过法定标准工作时间的部分，视为延长工作时间，单位需要按照不低于劳动者本人小时工资的150%支付加班工资。
• 注意事项：
  1. 综合计算周期要以劳动保障部门审批的为准。
  2. 延长工作时间的小时数平均每月不得超过36小时，超过36小时的，加班费计算仍以150%计算。
• 示例：若员工月工资为3000元，每月标准工作小时数为167小时，当月实际工作200小时，超出标准工时33小时，则延长工作时间加班工资为：3000÷21.75÷8×150%×33=913.79元。

三、其他注意事项

• 补休规定：综合计算工时工作制下，休息日安排劳动者工作的，应先按同等时间安排其补休。法定节假日则不可以补休，必须支付加班费。
• 单位不支付加班费的处理：若单位不支付加班费，劳动者可以通过协商、调解、投诉、劳动仲裁或诉讼等途径来维护自己的合法权益。

综上所述，综合工时制度下的加班费计算方式相对复杂，需要根据具体情况来确定。劳动者应了解自己的权益，并在必要时采取相应措施来维护自己的合法权益。