自建房只有转让协议是否合法，需视具体情况而定。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同有效的关键因素：

   • 民事行为能力：双方当事人必须具备完全民事行为能力。
   • 合同内容合法性：合同内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得损害社会公共利益或侵犯他人合法权益。
   • 真实意思表示：合同必须基于双方当事人的真实意思表示而订立。
   • 法定形式：房屋转让合同通常应采用书面形式，并依法办理相关登记、批准手续。
   • 房屋合法性：自建房必须拥有合法的产权证明，且不存在产权争议、抵押或查封等情况。
   • 集体经济组织成员间转让（针对农村自建房）：在农村地区，自建房的转让通常仅限于同一集体经济组织成员之间。

2. 合同可能无效的情形：

   • 违法建筑：如自建房为违法建筑，则转让合同无效。
   • 非集体经济组织成员间转让（针对农村自建房）：将自建房转让给非本集体经济组织成员，可能损害本集体经济组织的公共利益，此类转让合同通常无效。
   • 违反强制性规定：合同内容若违反法律、行政法规的强制性规定，合同将被认定无效。
   • 缺乏民事行为能力或真实意思表示：如签合同时精神不正常、未成年无监护人同意，或合同非出于双方真实意思表示，都可能导致合同无效。

3. 实际应用中的建议：

   • 在签订自建房转让协议前，双方应充分了解相关法律法规，确保协议内容合法、真实、有效。
   • 建议咨询专业律师对协议内容和相关情况进行审查，以避免潜在的法律风险。
   • 对于涉及复杂情况或不确定因素的协议，更应谨慎对待，确保所有条件均满足法律规定后再行签订。

综上所述，自建房只有转让协议是否合法，取决于多种因素。在签订协议前，建议双方充分了解相关法律法规，并咨询专业律师以确保协议的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。