如果司机在限时段停车位上超时但仍在车内，一般会予以警告，并责令其立即驶离，不会进行罚款处罚。具体分析如下：
一. 限时停车超时的处罚规定
- 司机在现场：根据相关规定，如果司机在限时停车位超时但仍在现场，执法人员会予以警告，并责令其立即驶离，此时并不会进行罚款。
- 司机不在现场或拒绝驶离：若司机不在现场，或者虽在现场但拒绝立即驶离，则可能会面临罚款处罚。具体罚款金额根据地方规定可能有所不同，但一般会是50元或200元。
二. 法律依据
- 《中华人民共和国道路交通安全法》第九十三条规定，对违反道路交通安全法律、法规关于机动车停放、临时停车规定的，可以指出违法行为，并予以口头警告，令其立即驶离。这一条款为上述处罚规定提供了法律依据。
三. 实际案例理解
- 例如，你在一个限时停车位上停车，由于疏忽大意超过了规定时间，但此时你仍在车内。执法人员发现后，会先对你进行警告，并要求你立即驶离，而不会直接进行罚款。
我建议司机在停车时务必注意停车位的时间限制，并严格遵守，以避免不必要的法律纠纷和罚款。如有进一步需要，您可以继续咨询我。