食品留样48小时后销毁的具体规定并非由《中华人民共和国食品安全法》直接明确规定，而是通常由食品生产经营者根据其内部的食品安全管理制度以及当地食品安全监管部门的指导要求来确定。以下是对此问题的详细分析：
一. 食品留样的目的与意义
- 食品留样是为了在食品生产经营过程中，一旦发生食品安全事故或疑似食品安全问题，能够迅速提供可疑食品的样本，以便进行检验和追溯，从而及时查明原因，采取措施，防止事态扩大。
二. 食品留样的时间与销毁
- 留样时间：食品留样的时间通常根据食品的性质、保质期以及食品安全风险等因素来确定。对于易腐食品，留样时间可能较短；对于保质期较长的食品，留样时间可能相对较长。但无论如何，留样时间都应确保在食品出现问题时，能够有足够的样本进行检验。
- 销毁规定：关于食品留样48小时后销毁的规定，并非由《中华人民共和国食品安全法》直接规定。实际上，销毁留样食品的时间和方法应由食品生产经营者根据其内部的食品安全管理制度来确定，并应确保在销毁过程中不会对环境或人体健康造成危害。同时，食品生产经营者还应记录销毁情况，以备监管部门检查。
三. 法律依据与监管要求
- 《中华人民共和国食品安全法》虽然未直接规定食品留样48小时后销毁的具体要求，但强调了食品生产经营者对其生产经营食品的安全负责，并应当建立食品安全自查制度，定期对食品安全状况进行检查评价。这意味着食品生产经营者应当根据自身情况，制定并执行包括食品留样和销毁在内的食品安全管理制度。
- 当地食品安全监管部门可能会根据当地实际情况，对食品留样和销毁提出具体要求或指导建议。因此，食品生产经营者在制定和执行相关制度时，还应参考当地监管部门的意见和要求。
我建议：食品生产经营者应根据自身情况，结合食品安全风险评估结果和当地监管部门的指导要求，制定科学合理的食品留样和销毁制度，并确保其得到有效执行。如有进一步需要，您可以继续咨询我。