委托单位的通行证应由委托单位自行保管。具体分析如下：
一. 通行证的归属与保管责任
- 归属问题：通行证作为委托单位的重要证件，其所有权归属于委托单位。这一点是基于物权法的基本原理，即物品的所有者有权对其物品进行保管和使用。
- 保管责任：既然通行证属于委托单位，那么其保管责任也自然落在委托单位身上。委托单位应当建立健全的保管制度，确保通行证的安全和有效使用。
二. 法律依据
- 虽然具体的法律法规可能并未直接规定通行证的保管问题，但根据《中华人民共和国物权法》的相关规定，物品的所有者有权对其物品进行占有、使用、收益和处分。因此，委托单位作为通行证的所有者，有权也有责任对其进行保管。
三. 实际操作建议
- 委托单位应设立专门的证件管理部门或指定专人负责通行证的保管工作。
- 应建立完善的证件保管和使用制度，包括通行证的领取、使用、归还和定期检查等流程。
- 对于违反保管规定的行为，应设立相应的处罚机制，以确保通行证的安全和有效使用。
综上所述，委托单位的通行证应由委托单位自行保管，这是基于物权法的基本原理以及委托单位作为通行证所有者的责任和义务。如有进一步需要，您可以继续咨询我。