公司诈骗国家补助资金，应当依法承担刑事责任，并追缴或责令退赔违法所得。具体分析如下：
一. 刑事责任
- 诈骗公私财物的处罚：根据《中华人民共和国刑法》第二百六十六条，诈骗公私财物，数额较大的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。公司诈骗国家补助资金，属于诈骗公私财物的行为，应当依据此条款追究其刑事责任。
二. 违法所得的处理
- 追缴或责令退赔：根据《中华人民共和国刑法》第六十四条，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔。因此，公司诈骗国家补助资金所得的财物，应当被追缴或责令退赔给国家。
综上所述，公司诈骗国家补助资金，不仅面临严厉的刑事处罚，其违法所得也将被追缴或责令退赔。我建议相关单位或个人应严格遵守法律法规，不要触碰法律红线。如有进一步需要，您可以继续咨询我。