舅舅有案底一般不会影响外甥入伍。具体分析如下：
一. 亲属关系与案底影响
- 亲属关系定义：根据《中华人民共和国民法典》第一千零四十五条，亲属包括配偶、血亲和姻亲。其中，舅舅与外甥属于血亲关系，但并非近亲属或家庭成员。
- 案底影响范围：通常，个人的案底主要影响其本人及某些特定近亲属（如父母、子女等）的某些权益或资格。对于外甥而言，舅舅的案底并不直接构成其入伍的障碍。
二. 入伍政审要求
- 政审标准：入伍政审主要考察应征者的个人品质、政治立场、道德观念等，以确保其符合军队的要求。这一过程中，虽然会对应征者的家庭背景进行一定了解，但主要关注的是应征者本人及其直系亲属（如父母、兄弟姐妹等）的情况。
- 舅舅案底的影响：由于舅舅并非外甥的直系亲属，且《中华人民共和国公务员法》等相关法律法规并未明确规定舅舅的案底会影响外甥的入伍资格，因此，舅舅的案底通常不会对外甥的入伍产生直接影响。
综上所述，舅舅有案底一般不会影响外甥的入伍资格。但需要注意的是，不同地区的具体政策可能有所不同，建议外甥在入伍前咨询当地相关部门或机构，以获取最准确的信息。如有进一步需要，您可以继续咨询我。