交通事故协议书与谅解书确实存在区别，以下是详细的解释：
一、性质与目的不同
交通事故协议书：这是双方对事故责任、损失金额的认定以及解决方式所达成的书面协议。它主要用于明确双方在事故中的权利义务，是处理交通事故赔偿事宜的重要依据。
谅解书：这是受害方在肇事者构成刑事犯罪后，出具的对肇事者表示谅解的书面证明。谅解书在刑事诉讼中具有一定的法律效力，可以作为法院对肇事者量刑时的一个参考因素。
二、出具时间与条件不同
交通事故协议书：通常在事故发生后，双方就赔偿事宜进行协商并达成一致后出具。它不需要以肇事者构成刑事犯罪为前提。
谅解书：一般是在肇事者构成刑事犯罪，并且受害方对其行为表示谅解后才会出具。谅解书的出具往往与肇事者的悔罪表现、赔偿情况等因素密切相关。
三、法律效力与影响不同
交通事故协议书：它主要作为双方处理赔偿事宜的依据，具有民事合同的性质。如果一方违反协议，另一方可以依据协议向法院提起诉讼。
谅解书：在刑事诉讼中，谅解书可以作为法院对肇事者从轻量刑的一个参考因素。但谅解书并不直接决定案件的判决结果，法院还会综合考虑其他因素来作出判决。
综上所述，交通事故协议书与谅解书在性质、目的、出具时间与条件以及法律效力与影响等方面都存在明显的区别。在处理交通事故时，双方应根据实际情况和需求来选择合适的文书形式，以维护自身的合法权益。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。