针对您提出的问题“二手房买卖合同中有明确写到付清房款后合同生效，是不是只有付清房款后才能生效”，我的回答如下：

结论：并非只有付清房款后合同才生效，合同的生效与付清房款可以是两个独立的事件，除非合同中有特别约定。

分析说明：

1. 合同生效的一般原则：

   • 根据《民法典》的相关规定，当事人之间订立有关设立、变更、转让和消灭不动产物权的合同，除法律另有规定或者当事人另有约定外，自合同成立时生效。这意味着，除非合同中有特别的生效条件，否则合同在双方签字盖章后即生效。

2. 合同中的特别约定：

   • 在您的案例中，二手房买卖合同中明确写到“付清房款后合同生效”。这是一种特别的约定，它改变了合同生效的一般原则。如果合同中确实有这样的约定，那么理论上来说，合同确实需要在付清房款后才生效。

3. 实际操作中的考量：

   • 然而，在实际操作中，这样的约定可能会引发一些争议和风险。例如，如果买方在合同签订后长时间不支付房款，而合同又未生效，那么卖方可能会处于较为被动的地位。因此，在实际操作中，双方通常会通过其他方式来保障各自的权益，如设定定金、违约金等条款。

4. 法律建议：

   • 如果您正面临这样的情况，建议您仔细阅读合同条款，并咨询专业律师的意见。律师可以根据您的具体情况，为您提供更详细的法律分析和建议。同时，也建议您在签订合同时，尽量明确各项条款，以避免未来可能出现的纠纷。

综上所述，虽然合同中可能约定了“付清房款后合同生效”的条款，但并非只有付清房款后合同才生效。合同的生效与付清房款可以是两个独立的事件，除非合同中有特别明确的约定。在实际操作中，建议您咨询专业律师的意见，以确保您的权益得到充分保障。