针对您提出的“承租合法建筑上有违法加建，对承租的合法建筑能否办理特种行业许可证”的问题，以下是我的详细解答：

结论：承租的合法建筑上存在违法加建，很可能会影响特种行业许可证的办理。

分析说明：

1. 合法建筑与违法加建的区分：

   • 合法建筑是指按照相关法律法规规定，经过合法审批和建设的建筑。
   • 违法加建则是指在未经相关部门审批的情况下，擅自对原有建筑进行增建或改建的行为。

2. 特种行业许可证的办理条件：

   • 特种行业许可证的办理通常要求申请人提供符合特定条件的经营场所，这些条件包括但不限于建筑的合法性、安全性、消防要求等。
   • 如果承租的建筑上存在违法加建，那么该建筑很可能不符合特种行业许可证的办理条件，因为违法加建可能违反了建筑安全、消防等相关规定。

3. 实际办理过程中的考量：

   • 在实际办理特种行业许可证的过程中，相关部门会对申请的经营场所进行实地检查。如果发现存在违法加建的情况，很可能会拒绝颁发许可证。
   • 即使承租的合法建筑本身符合特种行业的要求，但违法加建的存在也可能导致整个申请被拒绝。

4. 建议与解决方案：

   • 如果您承租的建筑上存在违法加建，建议您首先与出租方沟通，要求其尽快拆除违法加建部分，以确保建筑的合法性。
   • 在拆除违法加建并恢复建筑原状后，您可以再次尝试申请特种行业许可证。
   • 如果出租方不同意拆除违法加建，或者您无法与出租方达成一致，您可能需要考虑寻找其他符合要求的经营场所。

综上所述，承租的合法建筑上存在违法加建，很可能会对特种行业许可证的办理产生不利影响。因此，在办理许可证之前，建议您确保承租的建筑完全合法，并符合相关部门的要求。