员工不能代替公司起诉。在法律上，公司和员工是两个独立的法律主体，各自享有独立的法律地位和权利。公司作为一个法人实体，具有独立的诉讼主体资格，可以由其法定代表人或授权代表进行起诉、应诉等诉讼活动。而员工作为个人，只能在其个人权益受到侵害时，以个人名义提起诉讼。

具体来说，如果公司需要起诉某个主体，应该由公司的法定代表人或经过公司授权的代表来提起，员工无权直接代替公司进行起诉。同样地，如果员工个人在工作中遇到了劳动纠纷或其他法律问题，他们可以以个人名义提起诉讼或申请劳动仲裁，但不能以公司的名义进行。

因此，如果你作为员工遇到了与公司相关的法律问题，建议你先与公司内部的相关部门或领导进行沟通协商，寻求内部解决途径。如果无法内部解决，你可以考虑咨询专业律师，了解具体的法律权益和维权途径。在我擅长的交通事故和劳动纠纷领域，如果你有任何疑问或需要法律帮助，请随时向我提问。