自然人股东国籍变更后，需要办理工商变更登记手续，但这并不改变公司的企业性质。

详细解释如下：

1. 工商变更登记手续：

   • 根据相关法律法规，虽然自然人股东国籍的变更不会改变公司的企业性质（即内资企业仍为内资企业），但国籍变更本身是需要办理相应的工商变更登记手续的。这是为了确保公司登记信息的准确性和完整性。

2. 企业性质不变：

   • 根据《商务部关于外国投资者并购境内企业的规定》第55条（注：此处引用的是公域知识中的相关法规，且该法规仍然有效），境内公司的自然人股东变更国籍的，不改变该公司的企业性质。这意味着，如果原本是一家内资企业，自然人股东国籍变更后，该企业仍然保持内资企业的性质。

3. 实际案例：

   • 以中微半导(688380)为例，该公司在其招股意向书中披露了董事长杨勇由中国国籍变更为新西兰国籍的工商变更登记手续，并明确指出根据相关规定，这一变更并不改变公司的企业性质，中微有限企业性质不发生变更，仍为内资企业。

4. 特殊注意事项：

   • 如果自然人股东在变更国籍后同时担任公司的法定代表人、董事、监事或高级管理人员等职位，那么除了股东信息的变更外，还需要考虑这些职位信息的相应变更。
   • 某些特殊行业特别是军品类对外资准入有限制，如股东国籍变更为外籍，可能会对公司开展业务构成影响。因此，在涉及特殊行业时，需要特别关注并咨询相关部门或专业律师的意见。

综上所述，自然人股东国籍变更后，虽然需要办理工商变更登记手续，但这并不改变公司的企业性质。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。