《医疗器械监督管理条例》第五十五条中的医疗器械包括仪器。

具体来说，《医疗器械监督管理条例》中对医疗器械的定义较为广泛，涵盖了用于人体预防、诊断、治疗、监护、缓解以及康复等各个环节的设备、器具、仪器、材料或者其他物品。这些物品通常需要通过一定的技术手段来实现其预期的医疗目的，并且需要符合相关的安全、有效标准。

在《医疗器械监督管理条例》的第五十五条中，并未对医疗器械的具体形式进行限制或排除，因此我们可以合理推断，该条款中所提及的医疗器械是包含仪器的。实际上，仪器往往是医疗器械中非常重要且常见的一部分，如手术器械、诊断仪器、治疗设备等，它们都是医疗器械的重要组成部分，对于保障患者的健康和医疗安全具有重要意义。