商事主体登记机关通常为各级工商行政管理部门，具体到深圳则是深圳市市场监督管理局。

一. 商事主体登记机关的确定

1. 一般规定：根据相关法律法规，商事主体的登记注册及变更登记等事务，通常由各级工商行政管理部门负责。这些部门负责处理企业的设立、变更、注销等登记事项，并颁发相应的营业执照。
2. 地域性差异：在不同地区，具体的登记机关可能有所不同。例如，在深圳市，商事主体的登记机关为深圳市市场监督管理局。该机构负责深圳市内商事主体的登记注册、变更登记以及相关的监管工作。

二. “变更登记一窗通”服务

1. 服务内容：如您所提到的“变更登记一窗通”，这是一项旨在提供优质、高效的企业信息变更服务的举措。通过该服务，企业可以在一个平台上完成税务、社保、公积金、公章、银行基本账户等相关信息的变更预约。
2. 办理流程：企业可以登录“变更登记一窗通”平台进行信息填报，并提交商事登记变更申请。随后，商事登记部门会进行审批，并同步完成税务、社保、公积金等相关信息的变更。

三. 法律依据

• 虽然直接关于“商事主体登记机关”的具体法条未在提供的公域知识中明确列出，但根据《中华人民共和国公司法》及相关实施办法，工商行政管理部门（或市场监督管理局）是负责商事主体登记注册的主要机关。
• 深圳市市场监督管理局作为深圳市的商事主体登记机关，其职责和权限在相关法律法规及政策文件中有所体现，如深圳市市场监督管理局关于除名决定的公告等。

综上所述，商事主体登记机关通常为各级工商行政管理部门，具体到深圳则是深圳市市场监督管理局。如有进一步需要，您可以继续咨询我。