有限责任公司（自然人独资）能做原告。有限责任公司，无论其股东结构如何（包括自然人独资），在法律上都是一个独立的法人实体，具有独立的诉讼主体资格。因此，当公司与其他主体发生纠纷时，公司可以以自己的名义作为原告提起诉讼，维护自身的合法权益。

以下是对这一结论的详细解释：

1. 法人的独立性：

   • 有限责任公司，包括自然人独资的有限责任公司，都是依法设立并登记注册的法人实体。
   • 法人具有独立的财产权、责任能力和诉讼主体资格，能够以自己的名义参与民事诉讼活动。

2. 诉讼主体资格：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，法人可以作为民事诉讼的当事人，包括原告和被告。
   • 因此，有限责任公司（自然人独资）在符合起诉条件的情况下，有权以原告身份向法院提起诉讼。

3. 实际案例：

   • 在实践中，有限责任公司（自然人独资）作为原告提起诉讼的案例屡见不鲜。
   • 这些案例通常涉及合同纠纷、侵权纠纷等民事争议，公司为了维护自身权益而提起诉讼。

综上所述，有限责任公司（自然人独资）具有独立的诉讼主体资格，能够以原告身份参与民事诉讼活动。如果你的公司遇到了相关法律问题，需要提起诉讼来维护权益，可以准备相关证据材料，并依法向法院提起诉讼。