《农村土地承包法》第39条主要规定了土地经营权流转的价款确定及支付方式。以下是对该条文的详细释义：

一. 条文内容

《农村土地承包法》第39条规定：“土地经营权流转的价款，应当由当事人双方协商确定。流转的收益归承包方所有，任何组织和个人不得侵占、截留、扣缴。”

二. 条文释义

1. 价款确定：土地经营权流转的价款，即土地流转的价格，应当由流转的双方当事人——通常是承包方（转出方）和受让方（转入方）——通过协商来确定。这意味着价款不是由单方决定，也不是由政府或第三方机构强制规定，而是基于双方的意愿和协商结果。

2. 支付方式：虽然条文本身没有直接规定支付方式，但“价款”一词通常隐含了支付的方式和条件。在实际操作中，支付方式可以是一次性支付、分期支付、按年支付等，这取决于双方的协商和约定。

3. 收益归属：流转的收益，即土地流转后所得的经济利益，明确归承包方所有。这是保护承包方合法权益的重要规定，确保他们在土地流转过程中能够获得应有的经济回报。

4. 禁止侵占、截留、扣缴：条文明确规定，任何组织和个人都不得侵占、截留、扣缴承包方的流转收益。这是为了防止在土地流转过程中，承包方的权益受到不法侵害，确保他们能够完整、安全地获得流转收益。

三. 实例说明

假设张三将自己承包的土地流转给李四经营，双方协商确定流转价款为每年1万元，支付方式为每年年底一次性支付。那么，根据《农村土地承包法》第39条的规定，这1万元的流转收益应归张三所有，李四必须按时支付，且任何组织和个人都不得侵占、截留、扣缴这笔收益。

综上所述，《农村土地承包法》第39条为土地流转双方提供了明确的价款确定和支付方式指导，并保护了承包方的合法权益。在实际操作中，双方应严格按照该条文的规定进行协商和履行，以确保土地流转的顺利进行和双方权益的有效保障。