车辆被维修店私自改装后，车主应首先向交通管理部门举报，并要求维修店承担相应的法律责任。针对这一问题，可以从以下几个方面进行处理：

一. 责令恢复原状

• 法律依据：《中华人民共和国道路交通安全法》及相关法规规定，任何单位或个人不得擅自改变机动车已登记的结构、构造或特征。
• 处理措施：交通管理部门在发现车辆被非法改装后，会责令维修店将车辆恢复原状，即恢复到与机动车登记证书所载明的状态一致。

二. 罚款处罚

• 法律依据：根据《中华人民共和国道路交通安全法》及其实施条例，以及《中华人民共和国道路运输条例》的相关规定，非法改装车辆将面临罚款处罚。

• 罚款标准：

  1. 轻微改装：如改变车身颜色、更换发动机或车架等，未在规定的十天内办理变更手续，将受到警告或200元以下的罚款。
  2. 严重改装：如改变发动机类型、改装车辆排气管、增加车辆后导流翼或前探照灯等，将被责令恢复原状，并处以警告或500元以下的罚款。
  3. 维修店处罚：对于维修店私自改装车辆的行为，若无违法所得或不足1万元，则处以2万元至5万元的罚款；违法所得超过1万元的，处违法所得2倍以上10倍以下的罚款。

三. 吊销相关证照

• 法律依据：根据《中华人民共和国道路运输条例》第七十二条，情节严重的非法改装行为，交通运输主管部门有权吊销维修店的相关证照，如机动车维修经营许可证等。
• 处理措施：对于屡教不改或情节严重的维修店，交通管理部门将吊销其经营许可证，使其失去从事机动车维修经营活动的资格。

四. 其他行政措施

• 没收违法所得及工具：交通管理部门在处罚非法改装行为时，还会没收维修店的违法所得、相关零部件及作业工具。
• 暂扣非法改装车辆：对于非法改装的车辆，交通管理部门有权暂扣，直至车辆恢复原状并办理相关手续。
• 停业整顿：对于情节严重的维修店，交通运输主管部门还可能责令其停业整顿，以规范其经营行为。

我的建议：车主在发现车辆被维修店私自改装后，应立即向交通管理部门举报，并要求维修店承担相应的法律责任。同时，车主也应选择有资质的维修店进行车辆维修和改装，以确保车辆的安全性和合法性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。