公安机关出具的认定书通常是有效的，其效力主要基于以下几点：
法律赋予的权力：根据相关法律法规，公安机关在处理特定事务（如交通事故、治安案件等）时，具有作出责任认定或事实认定的权力。这些认定书是公安机关依法履行其职责的产物。
专业调查与判断：公安机关在出具认定书之前，通常会进行详细的现场勘查、调查取证等工作，并基于其专业知识和经验对事实进行判定。这种专业性和程序性保证了认定书的准确性和公正性。
司法实践中的认可：在司法实践中，法院通常会尊重公安机关出具的认定书，并将其作为处理相关案件的重要依据。除非有确凿的证据证明认定书存在重大瑕疵或违法情形，否则法院一般会采纳认定书的结论。
然而，也需要注意到以下几点：
可质疑性：虽然公安机关出具的认定书通常具有法律效力，但并非不可质疑。如果当事人能够提供充分的证据证明认定书存在事实认定错误、程序违法等问题，法院有权根据查明的事实重新作出判定。
特定情境下的效力：认定书的效力还可能受到特定情境的影响。例如，在民事诉讼中，认定书可能作为证据之一被提交给法院，但其证明力还需结合其他证据和事实进行综合判断。
综上所述，公安机关出具的认定书在大多数情况下是有效的，并会被法院和其他相关机构所认可。但如果当事人对认定书有异议，或者认为其存在重大瑕疵或违法情形，可以通过合法途径提出质疑并寻求救济。